Die in den Mindeststandards geforderten Maßnahmen sind in der erster Linie auf den Schutz von Minderjährigen und Frauen ausgerichtet. Ausdrücklich wird darauf hingewiesen, dass die Maßnahmen für weitere Personengruppen, die in der sogenannten Aufnahmerichtlinie der EU (Richtlinie 2013/33/EU) als schutzbedürftig genannt werden, nicht ausreichend sind. Dies sind zum Beispiel Personen mit Behinderungen, Opfer des Menschenhandels sowie Opfer von Folter und Vergewaltigung. Für diese Gruppen müsse eine gesonderte Bewertung der Schutzbedarfe vorgenommen werden.
Für den Schutz von Kindern, Jugendlichen und Frauen fordern die Mindeststandards einleitend, dass alle Flüchtlingsunterkünfte ein Schutzkonzept erarbeiten müssen, welches für alle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in den Unterkünften verpflichtend ist. Weitere Standards umfassen u.a. die Einrichtung einer neutralen Beschwerdestelle, die Information über Rechte und Hilfsangebote sowie Vorgaben für den Umgang mit Gefährdungssituationen oder Gewalttaten. Darüber hinaus gehen die Leitlinien aber auch auf bauliche Maßnahmen ein, bei denen auf Rückzugsmöglichkeiten und Privatsphäre geachtet werden müsse. Daneben müssten kinderfreundliche Räume fester Bestandteil jeder Einrichtung sein. Für die Umsetzung des Schutzkonzeptes müsse jede Unterkunft zudem ein Monitoring sicherstellen.
Die Mindeststandards entstanden im Rahmen der Initiative "Schutz von Frauen und Kindern in Flüchtlingsunterkünften". Unter Federführung des Familienministeriums und von UNICEF beteiligten sich an dem Konzept u.a. die Spitzenverbände der Freien Wohlfahrtspflege, die Frauenhauskoordinierung, Save the Children Deutschland, DITIB sowie die Stiftung Deutsches Forum für Kriminalprävention.